Der Aufsichtsrat überwacht die Geschäfte des Klinikumsvorstands und trifft strategische Entscheidungen. So ist der Aufsichtsrat beispielsweise für die Struktur- und Entwicklungsplanung des Klinikums verantwortlich. Der Aufsichtsrat bestellt die Mitglieder des Klinikumsvorstands.
Das Gremium setzt sich aktuell aus folgenden Mitgliedern zusammen:
Bayerischer Staatsminister für Wissenschaft und Kunst
Ministerialdirigent
Bayerisches Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst
Ministerialrat
Regierungsdirektor
Ministerialrat
Vorsitzender der Hochschulleitung
Direktor der Medizinischen Klinik 5 - Hämatologie und Internistische Onkologie
externer Wirtschaftsfachmann
Direktorin der Klinik für Hals-, Nasen- und Ohrenheilkunde am Universitätsklinikum Schleswig-Holstein